理屈では対象点は同じ勝率（勝ち点）を示すはずです。
F3のVisit（訪問）回数が480なので、十分な回数調べてないから差異があるのではないでしょうか？
同じことを私の環境（i7-8700 16Gb RT2060）で１時間調べたら対象点はほとんど同じになりました。

さらに、検討を続けてみました。
D3　46.3％　1.2ｍ　-0.3目　最善手
F3 36.5％　480　　-0.7目
となりました。
あたかも、最善手の対称点については、検討を枝刈りしているような挙動です。互先の初期配置での初手では、そのようなことにはなりませんから、不思議だったんですが、当方の環境が低スペック（i7-860）であることによるのかもしれませんね。
なお、９路盤ではコミ
6.5目なら白勝ち
5.5目なら黒勝ち
が、Katagoの結論のようです。

KataGoはもちろん日本ルールでの話ですよね。
検討時間をもっと長くすれば、いずれF3も150K以上になると思います。