サブ碁盤をクリックするたびにサブ碁盤の分析図が推奨手の順に変化していくのはデフォのようですね。
Issuesに質問してから気がつきました
確かにセンターホイールで表示手数をコントロールできるなどは便利です。
私の勝手な希望としては、サブ碁盤クリックで大きくなる機能だけは、残せれば残して欲しかったです。メニューから大きくすればいいと言われればそうなんですが
初回クリックでサブ碁盤を大きくして、２回目のクリックから推奨手の順に表示するというのはできないかな？

サブ碁盤の機能に関しては意見が分かれるところだと思います。
マウスの左右クリックでn番目の変化図を表示し、マウスホイールで変化図の手順を確認できるようになったというのが今回の新機能ですが、この機能は、メイン碁盤の候補手の上にマウスポインタを置いてZキーを押しながらマウスホイールまたはカーソルの上下でも同じようなことが可能ですので、サブ碁盤に関しては個人的には何かもっと他の便利な機能が追加されたほうが嬉しい気がします。
ただ、それがどんな機能なのかと言われると全然分かりませんが・・・

私は普段サブ碁盤はほとんど使わないので気になりませんが、大きいサブ碁盤を頻繁に使う人にとっては今回の変更は微妙かもしれませんね。
大きいサブ碁盤の使用頻度が高い場合は、config.txtの「"large-subboard": false,」をtrueにすれば、起動時に大きなサブ碁盤にりますが、頻繁に切り替える場合はワンクリックが望ましいですね。例えばセンタークリックとか。

そうですね。私はサブ碁盤を頻繁に切り替える使い方をしているので気になりましたが、そうでない人にはどうでもいい機能ですね
どんな仕様でも慣れた方法から変化があると気になるものなので、これもしばらく使って慣れれば文句は無くなると思われます
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kaorahiさんからコメントをもらいました。
サブ碁盤の上でマウスのセンターボタンをクリックすればサブ碁盤の大きさが変わるそうです。
ちゃんと、そういう機能があったんですね。文章化されていないので気がつきませんでした。

［言い訳］
調べていたとき、マウスホイール（センターボタン）をクリックしていましたが反応が無かったのです。私はゲーミングマウスを使っているのでたくさんのボタンの機能を指定していて、センターボタンにはTabキーを指定していたのでした。それを解除してやってみたらサブ碁盤が正常に大きくなりました。

センタークリックでサブ碁盤のサイズ切り替えできますね😅
kaorahiさんの投稿を読んで試したら普通にできました。
サイズ変更機能が失われたという先入観があって、センタークリックを試してないのにできないものと思い込んでいたようです。
失礼しました😅
さらにkaorahiさんはマイナーなバグにも気づかれて、早速プルリクエストを提出されたようです。
ソースコードを書き換えて動作確認しました😄
かぶるかなと思ったらやっぱりEbaさんとかぶりました（笑）