あまり多くの回数をやってませんが、突然過去のノードにワープすることはありませんでした。
分析領域の限定機能をオンにした状態では確かに勝率グラフが機能しません。

表示だけの問題ですが、幾つも分岐した場合、メインツリーの上部が消えますね。
初めて気がつきました。

確認有難うございました。
過去のノードにワープする件はyzyrayさんが修正コードを作成して下さり、早速使ってみたところうまく直っているみたいです。
但し、大量の分岐を作成するとまだ稀にこの不具合が起こることがあるみたいです。

メインツリーの上部が消える現象はいくらか試してみたのですがまだ確認できていません。

念のため補足します。
メインツリーの上部が消えると言っても、見た目だけでスクロールアップすればツリーはちゃんとあります。

なるほど、ようやく分かりました😅
これはそういう仕様なのですね。
なので、分岐が一つだけでも上部が消えたように見えます。
分岐が無い一本道でも消えたようになるのですが、分岐があることでいかにも切れているように見えますね。

単純なツリーを作りました（左図）左図からメインツリーを2手進んだのが中央図ですが、メインと分岐が分離しているようで違和感がありますね。
MultiGoでは右図のように上部に線がくっついているので、こちらのほうが自然な気がします。

理解していただけてよかったです。
なぜこんな仕様にしたか不明ですが、プログラム的には修正するのは簡単かと思います。（Javaとか分からないので偉そうなことは言えませんが直感的にはです😅）
この仕様にする何か別の理由があるのかもしれませんが･･･

私も自分で何とかできないものかとソースコードを覗いてみたのですが、うーん・・となってしまいました😅
どのファイルのどのあたりをいじればよいかというのは何となく見当がつくのですが、具体的にどうすればよいかとなると難しいです。
ちなみに、ノードの横にある着手番号の位置は元々はノードのやや右下の位置だったのですが、これに関してはほぼ真横に移動させることができました😄