添付されている画像のlizzieではコミが6.5になっていますので、Sabakiの対局時にコミ0.5目のつもりが6.5目になっていた、ということではないでしょうか？

hope366さん、そうでした。
置き碁なので自動的にコミ０になると思っていましたが、Lizzieは置き碁を考慮しないんですね。
コミ０にして棋譜を読み込んだらちゃんと２目差になりました。使用した棋譜にKM[0]が入っていなかったようです。
最近うっかりが多いです。