アゲハマの増減ができるものは見たことがありません。
棋譜は初手から連続して石が打たれた履歴なので、アゲハマを増減すると一貫性の無い間違った棋譜になりますよね。プログラムによってはエラーを吐きそうです。

私の意見としては、アゲハマの数を増減して評価させたいだけなら、コミの数値を変えることで対応できると思います。
アゲハマの１子は最終的に1目の価値だからです。
途中の着手が無かったらどう評価されるか？については、現状では手動で局面を作成するしかないと思います。
棋譜の途中の部分を部分的に削除することについてIssuesに投稿しておきました。
以下の件も合わせて投稿してあります。

・目数計算のエリア・テリトリー表示の問題
・日本ルールと中国ルールで、置き碁の場合のエリアの計算結果が異なる問題
・置き碁の棋譜等をロードした後でエンジンを切り替えた時に、エンジン管理でセットされたコミに強制変更される問題
・エンジン同士の対局を行う際に、エンジンの指定だけで開始しようとするとエラーになる問題

hope366　様
ご回答ありがとうございます。
つまり、小生がアゲハマの増減編集方法がわからないのではなく、現状でそのような編集機能はない、ということなんですね。
布石の手割解析をさせたいときなどでは、これまでもコミの増減で代用していました。
前述のように、勝敗を分ける交換の有無が長手数進んだ局面で現れるときに、コミ調整では比較検討できないと思うのです。
例えば、２線のハネと押さえの交換が入ったことで、どの位得になったのか？が数字で示されることで指導に説得力があるのです。単純なハネと押さえの２手なら、容易に編集から削除できるのですが、石取りが生じた変化の場合、簡単に比較図が作れません。

開発者に問い合わせたところ、削除したい石の上にマウスカーソルを置いた状態で、右クリック→削除、で対応できるとの回答を頂きました。
石取りが絡む場合でも、「右クリック→削除」はアゲハマにも効果が及ぶようなので、これでうまくいくような気がします。

hope366　様

対局の流れの中で、「待った」をするような評価の比較ではなく、あくまである局面の手割解析のための類似局面の作図という意味です。
例えば、例図で黒５４で白の２子を取った場面ですが、
囲んでいる黒の６子の上で、右クリックから削除すると、白の２子が盤面に戻ります。
ただし、黒のG3+K3の２手と白の碁笥に打った２手を外した図なら、どの位の判定になるのか？などを解析したいことがあるのです。
あまり、適切な例ではないと思いますが、要するに、自由に類似の局面を作図したいときに、アゲハマの数も編集したいわけです。
PDA の数値も弄りながら研究しているので、コミの数字の調整では、等価ではありません。
プログラムとしては、簡単？そうなことなので、そういう機能があるのでは？
と思って質問した次第です。

初心者さん

＞例図で黒５４で白の２子を取った場面ですが、

「例図」が見当たりません。

例図です。
失礼しました。

例図は3子局ですね？

＞黒のG3+K3の２手と白の碁笥に打った２手を外した図なら、どの位の判定になるのか？などを解析したいことがあるのです。

「白の碁笥に打った２手」の表現がはっきりしませんが、黒が所持しているアゲハマ2個のこととして話を進めます。

例図と同じような図を作ってみました。「例図」に手順番号が記載されてなかったので順番は適当ですが、最終図は同一になりました。
黒のG3とK3、及び取られた白の2子を右クリックから削除した図を添付しました。アゲハマの数をいじらなくても、右クリックから削除で簡単に行うことができました。

アゲハマの数をいじると言っても、盤面のどこの石に対するアゲハマなのか？がはっきりしないので、アゲハマになる前のまだ盤上に存在している局面に移動して、右クリックから削除したほうが局面の作成という意味では正確で間違いが無いと思いますがどうでしょうか？

アゲハマの数をいじることがどうしても必要だというのであれば、開発者を納得させるだけの根拠と具体例が必要だと思います。

hope366 様

開発者側へ要望を伝える仕事をしていただいているようですね。ありがとうございます。
本スレの本題は、あくまで、できるのかどうか？小生が使い方をわかっていないだけなのか？という質問でした。
わかりやすい例図を作れません。（そのうち、観戦で実例が出てくるかも）

本件に絡んで気が付いた要望ですが。
当方は、
右にメイン盤面
左下にサブ碁盤　表示＞『メインパネルの設定』で『大きいサブ碁盤』
として使用しています。
その状態ですと、左上のパネルの表示は、
正確度の下にコミ設定値の表示が中央にあり、その左右には空きがあります。
文字数的には厳しいのですが、左右に双方のアゲハマを表示できませんかねえ。
『大きい勝率グラフ』に切り替えないと、アゲハマがどこにも表示されていませんよね。

同期の「更新」と「リフレッシュ」もそうですが、Lizzieyzyに関する要望は、ここに書いても答えてくれる人はいません。
直接開発者に問い合わせてみてはどうでしょうか？