「左側に移動していた」とは、具体的にどのような状態ですか？
問題を再現する方法は分かりますか？

こんな具合に表示されます。

そのエラーは初めてみました。
開発者でないと難しいような気がします。
GitHubのLizzieのところで質問することをお薦めします。

何か、そのようなオプションがあるのかも？
ということでお尋ねいたしました。
config を新しくすることで、解決しました。

問題の再現方法が分かりました。問題ではなく仕様のようです。
下部ツールバーの右端の空白のところを左クリックでつかんで移動させることができます。
左端のあたりにもっていくと縦長になって枠が赤色になります。この状態で左クリックを離すと、ツールバーが左側に固定されます。
勝率グラフやサブ碁盤等を非表示にすることでkimuraさんの画像と同じ感じになります。
左側だけでなく、下部ツールバーは同様の操作をすることで上や右に移動させて固定することができます。
config.txtを探しましたがそれらしき項目はありませんでした。
この設定結果はconfig.txtではなくpersistに記録されます。
"toolbar-position": "West"
これだと左側固定です。Northなら上、Southなら下、Eastなら右、となります。