「LizzieYzyの使い方」はLizzieYzy日本語版のものです。つまり
LizzieYzy-2.5.2pre2-RTXを使用したはずです。
当時と現在で表示方法のソースが違ってるとか？
しかし最新のLizzieyzy-2.5.3-win64でもちゃんと表示されているので不思議です。

LizzieYzy-2.5.2pre2-RTXを先程ダウンロードして、同梱されている「lizzie-yzy2.5.1-shaded.jar」を起動してみたのですが、
「HotKey=Space」及び「hold x = view controls」（多分日本語表示になっているはずですが）
は表示されませんでした。

EbaさんのほうではLizzieyzy-2.5.3-win64でも表示されているということは、jarファイル自体の問題ではなくて、GUI上の設定の問題のような気がするのですが、いろいろいじってみたのですがダメでした。
Ebaさんのほうでは、「HotKey=Space」及び「hold x = view controls」の表示を消すことは可能なのでしょうか？

原因が分かりました。
config.txtの392行目に、「 "user-known-x": false,」というのがあります。
LizzieYzyを起動し、「Xキーを約3秒以上長押ししてショートカットキー一覧を表示させる」という操作をします。この操作をした後にLizzieYzyを閉じると、閉じた瞬間に上記の「 "user-known-x": false,」が、「 "user-known-x": true,」に自動的に書き換えられ、次回起動時からは左下の「スペースキーとXキー長押しに関する説明」が表示されなくなるようです。

config.txtでこれについての設定をいじったことは無かったので、config.txtに原因があるとは考えませんでしたが、GUI上では何をやってもダメなので、仕方なくしらみつぶしにconfig.txtを調べたら、怪しそうな部分を見つけることができました。

お騒がせして申し訳ありません😅

なるほど！
LizzieYzyのGUIを構築するのにyzyrayさんはどれだけの要素を詰め込んだんでしょう？
市販の囲碁ソフトが軽く数個分になるかも。