エンジンをGPUに変えてもう一度やってみたらhope366さんのおっしゃるように枝分かれが主分岐として保存されました
念のため、次はエンジンをCPUに変えて保存したら、枝分かれは枝分かれのままで主分岐としては保存されませんでした
よく分かりません

先程はCUDA版のエンジン（15ブロックと18ブロック）で対戦させましたが、今度はCPU版のエンジン（Eien-6ブロックとEigenAVX2-6ブロック）で対戦させました。
今回も前回と同じく、エンジン同士で打った部分は主分岐として保存されました。

その後何度かやってみましたが、なぜかエンジン同士の対戦が保存しても主分岐になりません。
hope366さんのやり方と違ってるのかもしれませんね。
私のやり方は
１、プロの棋譜をSabakiに読ませる
２、白黒のエンジンを指定
３、エンジンの手を知りたいところまで盤面を進めてF5（エンジン同士の対局）
４、適当なところまで進めてエンジンを止め、棋譜を保存します

プロの棋譜の途中からなので対局者名はそのままです
エンジン同士で打った部分は枝分かれとしては保存されています

hope366さん、Ebaさん
早速のご教示ありがとうございました。
確かに、保存する前に、対局者の名前を、白・黒ともに変更して保存すると、エンジンに引き継いだ棋譜に反映されてて保存されていました。
そして分かったことは最初に保存するときにエンジン名のまま保存すると、エンジンの棋譜は消えてしまい、その後、手動で対局者名を変更しても、再現できないということでした。
また、最初に保存するときに、上書き保存してしまうと、もとのプロの棋譜が消えてしまうので要注意です。

Ebaさんのと同じ手順でやってみたら、私のほうでもエンジン同士の対局の部分は主分岐としては保存されませんでした。
ポイントは、手動でエンジン同士の対局を停止させるかエンジンが投了するまで待つか、この違いだと思います。

最初私が試した棋譜はプロ同士の棋譜で、最後まで打たれて1.5目差というものです。
これを終局の20手前くらいからエンジン同士に打たせました。すると間もなくして差は1.5目より大きくなり10数手で片方が投了しました。
この手順だとエンジン同士の部分は主分岐として保存されました。

ちなみにSabaki上でも主分岐と枝分かれの入れ替えはできました。
枝分かれのところにマウスカーソルを置いて、右クリックから0.43.3なら「Make Main Variation」0.52.2の日本語版なら「主変化図を作成」を選ぶと、その枝分かれと主分岐が入れ替わります。

＞そして分かったことは最初に保存するときにエンジン名のまま保存すると、エンジンの棋譜は消えてしまい、その後、手動で対局者名を変更しても、再現できないということでした。

これはちょっとよく分かりません。
対局者名のところをどう変更しようが、私の環境ではエンジンの棋譜（エンジン同士が打った部分）は保存されています。

＞最初に保存するときに、上書き保存してしまうと、もとのプロの棋譜が消えてしまうので要注意です。

確かに要注意かもしれませんが、これはSabakiに限ったことではないのでパソコンの慣れの問題ですね。

hope366さん、納得しました
Sabakiなどのツールの使い方を知っているつもりでいましたが、知らないことがまだ多いです
ありがとうございました

私も以前はよくSabakiを使っていたのですが、最近はLizzieYzy一辺倒になりました。
SabakiといってもほとんどAIとの対戦だけで他の機能についてはあまり良く知りませんでした。
ここでいろいろな問題を投げかけられることによって解決しようというモチベーションが生まれ、知識が増えていきます。
こちらこそ有難うございます。

今一度確認しましたが、保存する前に、対局者の名前を、別に変更する必要はなさそうですね！！
私なりに分かったことは、プロ棋譜の途中から引き継いだエンジン同士の対局で、片方が投了すれば棋譜は保存できるのですが、投了することなく、パスの繰り返しで終局になった場合に、そのまま保存すると、エンジン部分の棋譜が残らないことが判明しました。
よって無理やりに片方のエンジンに投了させてやれば棋譜が保存できるのですが、エンジンをストップさせると棋譜は残りません。
なお、sabaki0.52.2では、ナビゲーションの中に「主変化図に移動」「前の変化に移動」などがありますが、残念ながら、余り活用できていません

私の環境ではパスの繰り返しによる終局でも、エンジン部分の棋譜はきちんと保存されていました。

まだ一つの棋譜でしかテストしていません.