0.43.3と0.52.2で試してみましたが、引き継いでエンジンが打った棋譜も反映されていました。
ただし、対局者名はエンジンを選択しただけでは変更されなかったので、手動で何か入力する必要がありました。

私もやってみました。
プロの棋譜の途中でエンジン同士の対局に切り替え、棋譜を保存すると、エンジンの打った手はプロの打った手から変化した枝分かれの手順になると思います。（図の２つの黒点）
これをそのまま保存すると、対局者名はプロの名前のままで当然変わりませんし、主分岐はプロの手順のままで、途中で枝分かれの分岐手順が現れます。分岐手順をたどればいいのですが、エンジンの打った手順をメイン手順として保存することはSabakiではできないようです。
LizzieYzyならできますし、他の棋譜エディターでもできるかもしれません。ここの碁盤掲示板で使用しているEidogoでもできますが少し面倒です。
ご期待とは違う回答をしているかもしれませんが、その場合はご容赦ください。

私の環境では、エンジンが打った手の枝分かれが主分岐として保存されています。
特に設定はいじってないと思うのですが・・？