hope366さん、「設定の」全部の項目に説明文を付けたのですね。
これで、Lizzieのほぼ全容が理解できるようになったと思われます。

「勝率グラフの自動幅調整」については私も知りませんが、チェックを付けた場合、グラフ欄全部をグラフとして使用しているようです。
左の画像は93手で終局した棋譜の67手の局面です。
右の画像は、同じ棋譜をチェックを付けないで67手の局面です。

新たな質問です。
「勝率変化ノード」は、閾値による色の違いの説明となっています。
バリエーションツリーには色はありませんが、この「色」は盤面の分析している石の色と同じでしょうか？　最大playout数の石が青色になっていますが、この色はどこかで決められているのでしょうか？
分析中で表示される石の色は分析回数順に　青＞緑＞橙＞桃＞黄＞赤 となっていると思っていました。

「勝率グラフの自動幅調整」の件、なるほどです。有難うございました。

勝率変化ノードについては、盤面の分析している石の色とは関係なく設定欄で指定した色が表示されます。
例えば、閾値に「-5」と指定して、色を緑に指定すると、AIの最善手の勝率よりも5%以上低い着手のノードが緑色になります。
プラスの数値を入力することもできますが、AIよりも優れた手が現れることは稀なので、基本的にはどれだけ悪い手だったのか？を認識するための機能だと思います。

仮に「-5」「-10」「-15」「-20」「-30」「-50」と指定した場合、AIの最善手との差が0%～5%までの手は非常に良い手なのに無指定＝デフォルトの白、となりぱっとしません。
これが公式のlizzieの仕様ですが、良い手はそれにふさわしい色で表示させたいものです。実は、以前kaorahiさんにお願いして「0」を指定することで無指定扱いとなり、無指定扱いのノードにも色を指定することができるコードを教えて頂きました。
lizzie改良版にはこのコードが適用されているので、「0」を指定して色を水色にすれば、盤面の候補手と同じく非常に良い手が水色で表示されます。

盤面の候補手の色はソースコードのどこかで指定されていると思いますが、具体的な場所は分かりません。

hope366さん、説明ありがとうございます。
しかし、いまいち勝率変化ノードが分かりません。
そもそもこの色はどこに表示されるのでしょうか？　盤面の分析している石の色とは違うはずですよね？

右上のバリエーションツリーに表示されている各ノードが、指定された色で表示されます。

あらま
バリエーションツリーがこんなふうに多彩な色になっていることを経験してなかったので気がつきませんでした。
プロの棋譜ばかり見ていたせいですかね。
これで設定の項目は全部理解できました。ありがとうございます。

プロの棋譜ばかりというのもあると思いますが、数値の指定に問題があるのかもしれません。最低ラインを「-3」くらいにしておけばプロでも3%下落の手くらいは打つと思いますので色が変化するはずです。
また、この場合「0」（水色）を指定することで、0～-3%の着手＝非常に良い手をデフォルトの白色のままではなく、盤上の最善手のように水色で表示できます。

ところで、ポップアップ表示の改行についてですが、私は区切りの良い部分で改行するように手動で指定しましたが、どの行も同じ文字数で改行してそろえる方法もあります。
どちらが良いと思われますか？

コメントノード色の表示もチェックするとコメントを多用する人には便利ですね。棋譜の分析で多彩な使い方ができそうです。
これは「使い方」に書かないといけませんね。
区切りの良い部分で改行するのは作業としては大変かと思いますが、見やすいので良いと思います。

＞区切りの良い部分で改行するのは作業としては大変かと思いますが、見やすいので良いと思います。

良かったです、実は逆の方を言われたらどうしようかと心配していました。（修正作業がかなり面倒なので😅)

ひと段落ついたようなので、GitHubに公開してみようと思います。

hope366さん、最後に一つ
勝率変化ノードをhope366さんの使っておられる20:28に示された閾値にしたものをデフォにすることは可能でしょうか？
いまのデフォルトの値より、アマの碁の分析に応用するのに分かりやすい気がします。
ソースを書き換えることになって難しいなら仕方ありません。

私の力ではそれはできないです😅
日本語表示はseventeenさんに教えて頂いたので何とかなってますが・・基本的にプログラミングはド素人なので（笑）
kaorahiさんならおそらく可能だと思います。